2000年4月24日，三九健康网(www.999.com.cn)正式开通. 三九健康网不仅是三九集团正式进军网络的先锋，同时也将是一个依照互联网经济规律独立运作的大型实体. 三九健康网带来全新的网络健康理念，在强大的内容数据库支持下，试开通不到一个月，日访量已经达到8万，稳稳地坐上健康医药类网站的头把交椅。除了由传统医药行业转变而来的信息资源、配送渠道等优势外，三九网络与长城集团合作，将长城因特网电脑的健康类上网热键设定为三九健康网；与润迅公司合作，开通了全球首个双位数字域名的顶级邮箱39.net；与东芝公司合作，建立B2B模式的网上专营店，东芝的全线医疗器械产品将在三九健康网上进行销售。
三九网络在全国28个城市进行了医学人士上网情况调查，准确地把握了中国目前的医生上网的所有情况，以求能够为推动中国网络医疗服务尽一分力。三九健康网已在全国拥有1300余家医院会员，可以为本地或远程医疗提供即时服务；有近两万名医生在经过认证后成为三九健康网的专业会员, 这一庞大的后备资源尚无人可与争锋。同时，三九集团强大的销售网络，覆盖全国的仓储运输系统，数千家良好的商业合作伙伴将成为三九网络在电子商务领域中的有力支撑. 三九集团将利用在传统健康产业的绝对优势，率先全面整合中国健康医药类网站，将网上健康产业概念推上另一个台阶.
在栏目设置上, 包括新闻中心, 健康大全, 性爱时空, 美容新干线, 健身俱乐部, 无敌求医宝典, 医学大本营, 药品天地, 超级资料库, 网上医院, 健康超市, 同时还设有主页空间站和健康社区. 在网站内容方面，不但包括了健康资讯，医药情报，还包括了社会经纬，关注健康， 更关注整个社会， 这是三九健康网的目标. 即时的专业领域动态和信息吸引了大批专业人士的光顾, 专题栏目关注现代人的健康问题, 每一栏目下的的热点的话题调查体现了人们对于健康观点心态.